La operación Cuenta de la Salud tiene como objetivo el cómputo del gasto realizado en salud por el conjunto de los sectores institucionales en la C.A. de Euskadi, su forma de financiación y su inversión en las infraestructuras que sustentan dicho gasto; toma como fuentes de información las operaciones Estadística hospitalaria y la Estadística extrahospitalaria pública, entre otras. Otro objetivo es elaborar las principales macromagnitudes del sector sanitario, siguiendo los principios metodológicos del Sistema de Cuentas de la Salud de la OCDE, que permite analizar su impacto en la economía de la C.A. de Euskadi y su comparación internacional.